はい、受信メールについてはすべてチェックされます。
また、送信メールについては、SMTPサーバーを使ってメールを送信していれば
（メールソフトのSMTPサーバー設定欄にサーバーが設定されていれば）すべてチェックされます。

なお、CGIからsendmailプログラムを利用して送信するメールも対象になります。

ただし、ウイルスによってはサーバーを経由せずに直接メールを送信するものがございます。

このようなウイルスはチェックの対象になりません。